一是原始创新不足。粤港澳大湾区在电子信息、先进制造与自动化、新能源与节能等领域拥有完备的产业链条，但拥有自主核心技术的制造业企业不足10%，“卡脖子”问题尚未解决。

二是粤港澳大湾区还存在基础研究与产业化应用脱节、科技成果转化率低的问题。相对粤港澳大湾区其他城市，香港拥有多所高水平大学，基础研究实力较强，相关科研人才储备较为丰富（如香港在云计算、生物医学、纳米材料等领域具备基础研究领先优势），但这些科技成果的转化率较低，与市场需求存在一定的脱节，导致无法实现产业化生产，更难以通过核心技术攻关带动新兴产业发展。

三是粤港澳大湾区创新要素自由流动仍面临体制机制障碍。与国内其他经济区相比，粤港澳大湾区最大的特点是由粤港澳三方合作共建，粤港澳大湾区依托香港、澳门两个国际平台获得了不可多得的发展机会，但在合作方面也面临体制机制障碍。近年来，粤港澳大湾区在体制机制合作上开展了一些探索，但体制机制的差异化对科技创新要素跨境流动产生了阻碍，科研人员、科研设备、科研资金等要素跨境流动受限。在科研人员方面，体现为行业间交流和协同水平较低，香港、澳门科创人才来广东工作在所得税税率等方面存在制度约束；在科研设备方面，制造业中高端供给不足、产业链条不完善，研发设备出入境关税较重，通关手续繁琐，导致大型科研设备难以在大湾区内自由调动；在科研资金方面，根据《粤港科技合作资助计划》的相关规定，不允许在内地使用多于香港创新及科技基金的50%；受外汇管制等限制，粤港澳三地财务制度无法衔接，科研经费跨境流转不畅。

河套深港科技创新合作区将先行探索破解珠三角原始创新相对薄弱、优质高校资源稀缺等问题。比如，引进港澳知名高校优势学科重点科研项目，支持深港两地高校联合成立研究生院，共同培养创新人才。推动重大科技项目和成果、高水平科研机构和团队在河套深圳园区落地，支持开展基础前沿和重点产业领域科研攻关，打造原始创新和重要的新技术策源地。让科技创新的长板更长、短板补齐。

河套深港科技创新合作区将推动粤港澳大湾区科技成果转化。

科技创新涉及基础研究、技术攻关、成果产业化等众多环节。为此，深圳园区将建设具有国际竞争力的产业中试转化基地，把新一代信息技术、生物医药、人工智能与数字经济作为中试转化的重中之重。选择这些领域，既贴近大湾区的产业基础，又符合国际科技前沿趋势。而深圳园区又可与深圳光明科学城、香港科学园等创新节点形成“半小时科研圈”，与广州、东莞、惠州等城市形成“一小时产业圈”。粤港澳联手，将打通湾区科研圈、产业圈，为创新发展提速。河套深港科技创新合作区将跨越体制机制之界。

瞄准打造国际先进科技创新规则试验区，深圳园区将创新科研相关资金跨境流动监管、探索国际互联网数据跨境安全有序流动、营造与香港趋同的税负环境、全面接轨国际科研管理体制机制。这些探索，将可为整个大湾区乃至全国作示范。借鉴香港以及国际化的规则机制和先进理念，可以启发内地城市形成更完善的管理体系和高水平的治理能力。如果河套的经验推广到佛山、东莞等大湾区更多城市，将进一步深化改革开放。